Als zweiter Gründer der Soto-shu wird Keizan Jokin (1268-1325), in vierter Generation Dharma-Erbe Dogens, verehrt. Bereits mit acht Jahren wurde er Novize im Eihei-ji und studierte dort unter Dogens berühmtem Schüler Koun Ejo (1198-1280) und unter Tettsu Gikai (1219-1309). Mit 27 Jahren erhielt Keizan von Gikai die Kesa (Robe) als Zeichen der Dharma-Übertragung.
In den folgenden Jahren entfaltete Keizan eine äußerst fruchtbare Tätigkeit als Lehrer und Schriftsteller. Die Gründung des Soji-ji, das neben Dogens Eihei-ji das zweite Hauptquartier der Soto-shu werden sollte, geht auf ihn zurück – aber auch die Gründung des Ho’o-ji, des ersten Nonnenklosters der Soto-shu.
Inzwischen hatte sich auch die Yogi-Linie des Rinzai-Zen in Japan etabliert. Shomyo, genannt Daio Kokushi (1235-1309) hatte zunächst unter dem chinesischen Rinzai-Meister Lan-chi Tao-lung (1203-1268) studiert, der 1246 nach Japan kam. 1259 ging er nach China, wo er unter Hsu-t’sang Chih-yu (1189-1269) studierte und von ihm Dharma-Übertragung erhielt. Shomyos bedeutendster Schüler war Myocho Shuho, genannt Daito Kokushi (1282-1338), Gründer des Daitoku-ji in Kyoto und Lehrer von Kanzan Egen, genannt Muso Daishi (1277-1360), dem zweiten Abt des Daitoku-ji und Gründer des Myoshin-ji. Nach diesen drei Meistern ist die O-to-kan-Schule benannt, auf die das heutige Rinzai-Zen in Japan zurückgeht.
Es war insbesondere das Rinzai-Zen, das die Unterstützung der Shikken (Regenten) aus dem Hojo-Clan fand, die zu dieser Zeit an Stelle der Shogune regierten. Vor allem Tokiyori (reg. 1247-1256) und Tokimune (reg. 1268-1284) waren selbst ernsthafte Zen-Praktizierende; Tokiyori wurde 1256 Mönch und gab offiziell die Regentschaft ab. Auf Einladung der Regenten kamen etliche chinesische Ch’an-Meister nach Japan und trugen dort zur Entstehung der japanischen Zen-Tradition bei. Zunächst war dies der bereits erwähnte Tao-lung, der erste Lehrer Shomyos. 1280 kam Wu-hsüeh Tsu-yüan (jap. Mugaku Sogen, gen. Bukko Kokushi, 1226-1286) nach Japan, 1327 Ch’ing-chou Cheng-shen (jap. Seicho Seisetsu, 1274-1339).
Das zunächst in Kamakura etablierte Rinzai-Zen fand bald auch Zugang zum kaiserlichen Hof in Kyoto. Dies war vor allem das Verdienst von Enni Ben’en, genannt Shoichi Kokushi (1202-1280), der seine Studien unter Gyoyu, einem Schüler Eisais, begann. Er ging dann für sechs Jahre nach China und erhielt von Wu-chun Shih-fang (1177-1249) das Siegel der Bestätigung. Er wurde erster Abt des Tofuku-ji und spiritueller Ratgeber Kaiser Gosagas. Auch die bereits genannten drei Gründer der O-to-kan-Schule standen in enger Beziehung zum Kaiserhaus. Am einflußreichsten jedoch war wohl Muso Soseki, genannt Muso Kokushi (1275-1351); er war Lehrer von drei Kaisern und Ratgeber des ersten Ashikaga-Shoguns Takauji und soll 13 000 Schüler, darunter 52 Zen-Meister, ausgebildet haben. Auf seine Veranlassung gründete Takauji in jeder der 66 Provinzen Japans einen Zen-Tempel.
Die engen Beziehungen der Rinzai-Schule zum Kaiserhaus und zum Bakufu, der Militärregierung, setzten sich auch nach dem Untergang der Hojo in der Periode der Ashikaga-Shogune fort. In Kamakura und Kyoto wurde eine institutionelle Hierarchie der Rinzai-Schule eingerichtet, das System der ‚Fünf Berge – zehn Tempel’, jap. Gozan-Jissetsu. In der Folge übte Zen einen starken Einfluss auf die japanische Kultur aus, insbesondre über die Gozan-Bungaku, die ‚Literatur der fünf Berge’.
Während die Rinzai-Schule ihre Wirksamkeit hauptsächlich in den Machtzentren Kyoto und Kamakura entfaltete, widmete sich die Soto-Schule vorwiegend der Unterrichtung der ländlichen Bevölkerung. Vor allem zwei Schüler Keizan Jokins, Meiho Sotetsu (1277-1350) und Gasan Joseki (1275-1365), sowie Gasans Schüler Jakurei Tsugen (1332-1391) begannen eine weitgespannte Missionstätigkeit, die von ihren Nachfolgern fortgesetzt wurde. Meiho und Gasan sind die Begründer der beiden Hauptlinien des Soto-Zen.
Mit dem Beginn des Tokugawa-Shogunats (1603-1867) begannen Verfallserscheinungen aufzutreten, auch wenn beide Schulen weiterhin große Meister hervorbrachten. In der Rinzai-Schule sind da vor allem Gudo Toshoku (1579-1661), Isshi (1608-1646), Takuan Soho (1573-1645) und Bankei Yotaku (1622-1693) zu nennen. Die wichtigste Gestalt dieser Zeit aber war Hakuin Ekaku (1686-1769), der große Reformator des Rinzai-Zen. Die beiden noch existierenden Linien der japanischen Rinzai-Shu, die Inzan- (nach Inzan Ien, 1751-1814) und Takuju-Linie (nach Takuju Kosen, 1760-1833) gehen beide auf Gasan Jito (1727-1797) zurück, einen Schüler Hakuins. Man könnte mit Recht sagen, das moderne Rinzai-Zen sei Hakuins Zen – so sehr hat seine Tätigkeit als Reformer diese Schule geprägt. Ein anderer bedeutender Schüler Hakuins war Torei En’ni (1721-1792).